مقایسه روش‌های تشخیص تغییرات ژنومی

مقدمه و هدف: پاتوژنز عقب‌ماندگی ذهنی که شایعترین علت معلولیت شدید در کودکان می‌باشد و در بیش‌از 50 درصد موارد ناشناخته است و گمان می‌رود که منـشاء بسیاری از آنــها ژنتیکی باشد.

30‌تا‌40‌درصد موارد شدید و 10درصد موارد خفیف عقب‌ماندگی ذهنی دارای یک نوع ناهنجاری کروموزومی می‌باشند که با روش‌های روتین سیتوژنتیک قابل‌شناسایی می‌باشند. از طرفی تعداد بسیاری از ناهنجاریهای کوچک کروموزومی (کمتراز 4Mb) وجود دارند که موجب عقب‌ماندگی شده ولی با روش‌های روتین سیتوژنتیک قابل‌شناسایی نیستند و برای تشخیص آنها به تکنیک‌هایی با دقت بالاتر نیاز است. از‌جمله این تکنیک‌هاaCGH) array CGH) سراسر ژنوم می‌باشد. این تکنیک بازدهی تشخیص را به اندازه قابل‌توجهی افزایش داده است و از این‌رو امروزه به‌عنوان یک تکنیک تشخیصی دربسیاری از آزمایشگاه‌ها در کشورهای مختلف به‌کار گرفته می‌شود. بررسی‌های مختلف نشان‌داده‌اند که 10تا15‌درصد افراد عقب‌مانده‌ی ذهنی واجد کاریوتایپ نرمال با استفاده از روش aCGH دارای اختلالات ساب‌میکروسکوپیک می‌باشند.

روش تحقیق: 32‌بیمار عقب‌مانده‌ی ذهنی (ضریب هوشی زیر 75)‌ با‌علت نامشخص و حاصل ازدواج غیرخویشاوندی یا ازدواج خویشاوندی بدون سابقه‌ی عقب‌ماندگی ذهنی در خانواده، ابتدا مورد بررسی سیتوژنتیک قرارگرفتند و همچنین تست متابولیک و X شکننده برای آنها انجام شد. سپس بیماران دارای نتیجه نرمال برای هر سه تست انجام شده، از‌نظر ناهنجاریهای ساب‌تلومریک با استفاده از روش  MLPA با استفاده از کیت‌های سـاب تلومریک SALSA MLPA KIT P036-E1 و SALSA MLPA KIT P070-B1 مورد بررسی قرارگرفتند. در‌نهایت تمامی بیماران به‌وسیله‌ی تکنیک aCGH از نوع whole genome oligo array و با استفاده از محصولات شرکت Blue Genome برای تغییرات ژنومیک سراسر ژنومی مطالعه شدند.

یافته‌ها: در بررسی انجام‌شده 6بیمار با استفاده از روش array CGH ناهنجاری نشان دادند. ناهنجاری‌ها از این قرار بودند:

بیمار اول: حذف 1.68Mb در ناحیه ساب تلومریک بازوی کوتاه کروموزوم3 در موقعیت 3p26.3.

بیمار دوم: حذف 4.9Mb در ناحیه ساب تلومریک بازوی بلند کروموزوم15 در موقعیت 15q11.2q13.1.

بیمار سوم: حذف 7.7Mb در ناحیه‌ی ساب‌تلومریک بازوی بلند کروموزوم‌13 و یک دوپلیکاسیون 22Mb در ناحیه ساب تلومریک بازوی بلند کروموزوم7 در موقعیتهای 7q33q36.3 و 13q33.3q34.

بیمار چهارم: حذف 18.2Mb در ناحیه ساب تلومریک بازوی کوتاه کروموزوم18 و یک دوپلیکاسیون 8.7Mb در ناحیه ساب تلومریک بازوی بلند کروموزوم 6 در موقعیتهای 6q26q27 و 18q21.33q23.

بیمار پنجم: یک حذف 1.2Mb در ناحیه‌ی ساب‌تلومریک بازوی بلند کروموزوم1 در موقعیت 1p36.33.

بیمار ششم: یک حذف 2.5Mb در ناحیه درونی از بازوی بلند کروموزوم15 در موقعیت 15q24.1q24.2. ناهنجاریهای 5بیمار اول با روش‌MLPA نیز تأیید گردید.

نتیجه‌گیری: در‌این بررسی میزان تغییرات ژنومی 6/32 (20%) بود. یک ناهنجاری که از یکی‌از والدین به ارث رسیده بود به‌احتمال زیاد پلی‌مورفیسم می‌باشد. در چهار مورد والدین طبیعی بودند و بنابراین تغییر ژنومیک پاتوژن و عامل عقب‌ماندگی ذهنی در بیمار می‌باشد. روش array CGH تکنیک قوی و کارا برای تشخیص تغییرات ژنومی در عقب‌ماندگی ذهنی می‌باشد.