سابقه‌ی بیمار، مثلاً برخورد با خارگل‌ها و امتحان دقیق قرنیه نهایت اهمیت را دارد و نمونه برای رنگ‌آمیزی و کشت باید فرستاده شود. انجام (Ortical Coherenel Tomography: OCT) که از گرفتاری لایه‌های قرنیه آگاهی می‌دهد و همچنینCON FOCAL میکروسکپی که به این‌که آیا ارگانیسمی شبیه قارچ وجود دارد یا نه کمک می‌کند، گاه به‌صورت خطی و شبیه شاخه‌های درخت و اغلب با دیواره و شاخه‌های منقطع به تشخیص کمک می‌کند که می‌توان داروهای ضد قارچی را شروع نمود.

اگر مشکوک به‌نظر رسید بهتر است درمان باکتریال را شروع نمود چرا که با پیشرفت سریع، نوع باکتریال ممکن است عوارض غیرقابل برگشتی را ایجاد نماید. درمان را با آنتی‌باکتریال وسیع‌الطیف شروع می‌نماییم و روزانه باید بیمار را تحت‌نظر داشت و منتظر جواب کشت بود. اگر ظرف ۴۸ تا ۷۲ ساعت بهبود مشاهده نشد، درمان ضدقارچی را شروع می‌نماییم. جواب کشت هم فقط ۵۰درصد از موارد مثبت است.

اگر نوع قارچ Fusarium باشد، می‌توان ازNatacyin)Natamucim) محصول داروسازی ALCON و یا از ضد قارچ‌های دهانی، پوستی یا سیستمیک به‌صورت قطره‌ی چشمی استفاده نمود. به‌خصوص در موارد مقاوم می‌توان از قطره‌ی Voriconazole به داخل قرنیه تزریق نمود که‌نسبت به سیستمیک، هم عوارض کمتر و هم مخارج کمتری خواهد داشت. داروی دیگر (Posaconasole (Noxefil محصول داروسازی MERCK است که هم به صورت موضعی و هم خوراکی می‌توان از آن استفاده نمود.

داروی جدیدتر Echinocandinsمی‌باشدکه بر روی Yeast وMoldو Fungus  اثر دارد و می‌توان از آن استفاده نمود.

این دارو بر روی قسمتی از دیواره‌ی سلول اثر نموده و آنزیمی را ایجاد می‌نماید که در انسان موجود نیست و به‌نظر می‌رسد که قابلیت تحمل بیشتری دارد.

ولی طیف اثر وسیع نداشته و به اندازه‌ی ضدقارچ‌های دیگر مؤثر نمی‌باشد اما به‌طور موضعی بر روی بعضی انواع مقاوم، مؤثر است.
Caspofunginجزو این گروه است.

Collagen Croslinkingدر درمان بیمارهای قارچی، تأثیر چندانی ندارد. اگر درمان طبی مؤثر نبود کراتوپلاستی را هرچه زودتر باید شروع نمود چرا که تأخیر، سبب عدم کنترل بیماری خواهد شد.

ضمناً در مراحل اولیه‌ی بیماری می‌توان بجای Penetrating از تکنیک لاملّار (Lamellar) استفاده نمود ولی اگر از عمق ضایعه اطلاع دقیق نداشته باشیم ممکن‌است سبب عود بیماری شده و اثر داروهای ضدقارچی کمتر و درمان مشکل خواهد بود.

بعد از پیوند قرنیه، درمان آنتی‌فونگال را به‌طور موضعی و سیستمیک باید ادامه داد و تا دو هفته کورتیزون درمانی نباید انجام شود ولی Cyclosporin‌ را باید بکار برد که ضمناً اثر داروهای قارچی را تشدید می‌کند واز Rejection هم جلوگیری می‌نماید.