در دوران بارداری، دچارشدن به فلو تهدید جدی برای سلامت مادر و نوزاد به‌شمار می‌رود.
 بارداری احتمال ایجاد عوارض جدی فلو ازجمله پنومونی را می‌افزاید. همچنین عوارض فلو سبب افزایش احتمال زایمان پیش‌از موعد، زایمان زودرس و سایر مشکلات بارداری می‌شود.
باوجودی‌که احتیاط درمورد مصرف هر دارویی در دوران بارداری از اهمیت خاص برخوردار است ولی نتایج پژوهش از ایمنی مصرف داروی آنتی‌ویرال مثل اوزلتامیویر Tamiflu)Oseltamivir)یا زانامیویر  Ralenza) Zanamivir) برای درمان فلو در دوران بارداری خبر می‌دهد.
در‌صورت بارداری و بروز شناسه‌ها یا نشانه‌های فلو باید بلافاصله به پزشک رجوع کرد تا با کمک وی مشخص شود آیا استفاده از داروی آنتی‌ویرال مناسب حال بیمار است یا نه.
درصورتی‌که پزشک داروی آنتی‌ویرال تجویز نماید، باید به‌خاطر‌داشت که این دارو وقتی کاملاً مؤثر است که ظرف 48ساعت پس‌از ظهور نخستین شناسه‌ها یا نشانه‌ها مصرف شود ولی با این وصف در‌صورتی هم که دارو بعداز این‌مدت مصرف شود باز هم منافعی بر مصرف آن مترتب است.
در صورت وجود تب، پزشک ممکن است استامینوفن نیز تجویز نماید. نتایج بعضی پژوهش‌ها حاکی‌از افزایش احتمال بروز نقص‌های لوله‌ی عصبی و به‌ویژه ناهنجاری‌های وخیم مغز یا طناب نخاعی در نوزادان مادرانی است که در چهار‌تا‌شش هفته‌ی نخست بارداری دچار تب بالا شده‌اند.
باید به‌خاطرداشت که استفاده از شات فلو بهترین راه حفاظت خانم باردار و نوزادش از خطرات فلو در دوران بارداری است. مراکز کنترل بیماری و پیشگیری ایالات‌متحده‌ی آمریکا تزریق شات فلورا برای همه‌ی خانم‌های باردار در فصل فلو به‌ویژه از اواسط پائیز تا میانه‌ی زمستان توصیه کرده‌است مگر آنکه در مصرف‌کننده قبلاً با مایه‌کوبی فلو، واکنش شدیدی به‌وجود آمده باشد.
وقتی استفاده از شات فلو مطرح است، باید از شات فلو استفاده کرد و از واکسن فلو به‌شکل افشانه‌ی‌بینی استفاده ننمود. شات فلو از ویروس غیر‌فعال‌شده تهیه شده‌است و به‌این‌جهت مصرف آن هم برای خانم باردار و هم نوزادش در هرمرحله از بارداری مطمئن است. واکسن افشانه‌ی‌بینی از ویروس زنده تهیه شده و مصرف آن در دوران بارداری یا زمانی که برای بارداری برنامه‌ریزی شده مناسب نیست.