هدف از درمان بیماری التهابی روده، کاهش التهابی است که سبب شعله‌وری شناسه‌ها و نشانه‌ها می‌گردد. دربهترین موارد، معمولاً درمان IBD نه تنها به تسکین نشانه‌ها منتهی می‌گردد بلکه به  رمیسیون (بهبود موقت) درازمدت می‌انجامد. درمان IBD معمولاً شامل درمان دارویی یا جراحی است.

داروهای ضد‌التهاب

غالباً اولین مرحله در‌درمان بیماری التهابی روده، استفاده از داروهای ضد التهاب است. این داروها عبارتند از:

سولفاسالازین (Azulfidinee). استفاده‌از سولفاسالازین Sulfasalazine درکاستن ازشدت نشانه‌های کولیت اولسرو مؤثر‌است ولی دارای تعدادی عوارض جانبی است ازجمله تهوع، استفراغ، اسهال، سوزش دل و سردرد، در‌صورتی‌که نسبت به داروهای سولفا آلرژی وجود داشته باشد نباید از این دارو استفاده شود.
مزالامین (Lialda, Asacol, Apiso)بالزالازید(Colozal) والسالازین(Dipentum). این داروها به صورت خوراکی و نیز به صورت توپیکال ازجمله به شکل انما و شیاف وجود دارد.این داروها نسبت به سولفاسالازین عوارض جانبی کمتری دارند و معمولاً به خوبی تحمل می‌شوند. شکل این داروها بستگی به محل گرفتاری کولون دارد.

کورتیکوستروئیدها. مصرف کورتیکوستروئیدها به‌کاهش التهاب کمک می‌کند ولی این داروها دارای عوارض جانبی متعددی هستند ازجمله کاهش وزن، رشد بیش ازحد موی صورت، تغییرات خلق و خو، بالا رفتن فشارخون، دیابت نوع2، شکستن استخوان، آب مروارید، گلوکوم و افزایش تأثیرپذیری نسبت به عفونت. فقط درصورتی از این داروها استفاده می‌شود که بیماری التهابی روده از شدت متوسط تا شدیدی برخوردار باشد و نسبت به سایر روش‌های درمانی عکس‌العمل نشان ندهد. ازکورتیکوستروئیدها نمی‌توان دردرمان درازمدت استفاده کرد ومقدار خوراک آن را باید ظرف ۲تا3ماه کاهش داد.

داروهای فرونشاننده سیستم ایمنی

استفاده از این داروها سبب کاهش التهاب می‌شود ولی این داروها به جای آنکه التهاب را درمان‌کنند، دستگاه ایمنی را هدف می‌گیرند. ازآنجاکه داروهای کاهنده‌ی سیستم ایمنی ممکن‌است در‌درمان کولیت اولسرو موثر باشند، دانشمندان نظریه‌پردازی کرده‌اند که صدمه به بافت‌های گوارشی به‌علت عکس‌العمل ایمنی بدن نسبت به ویروس یا باکتری مهاجم یا حتی نسبت به خود بافت ایجاد شده است. با فرونشانی این عکس‌العمل التهاب نیز فرونشانی می‌شود. مصرف داروهای فرونشاننده‌ی‌ دستگاه ایمنی با احتمال اندک ایجاد سرطان ازجمله لنفوم همراه است.
داروهای فرونشاننده‌ی دستگاه ایمنی immumosuppressant عبارتند‌از:
آزاتیوپرین Imuran,Azasan) azathioprirf) و مرکاپتوپورین (purinethol). از آنجا که تأثیر آزاتیوپرین و مرکاپتوپورین به‌آهستگی آشکار می‌شود (حدود 3‌ماه یا بیشتر) درابتدا این داروها را گاهی با کورتیکوستروئیدها تجویز می‌کنند. باگذشت زمان، به نظر می‌رسد منافع استفاده از این داروها ظاهر می‌شود و می‌توان به تدریج از میزان مصرف استروئیدها کاست.
 عوارض جانبی این داروها عبارتند از واکنش‌‌های آلرژی، فرونشانی مغز‌استخوان، عفونت‌ها، و التهاب کبد و لوزالمعده. همچنین احتمال اندک ایجاد سرطان با مصرف این داروها وجود دارد. درصورت مصرف این داروها، لازم است بیمار ازنزدیک پیگیری شود و به‌منظور پیشگیری از بروز عوارض جانبی، خون بیمار مورد بررسی قرار‌گیرد. پیش‌از آغاز درمان با این داروها، در‌صورت ابتلای به سرطان، بیمار باید موضوع را با پزشک درمیان گذارد.

سیکلــوسپـــوریــــــن (Sandimmune, Neoral, Gengraf) این داروی قوی به‌طور معمول برای افرادی به‌کار می‌رود که نسبت به سایر داروها به خوبی عکس‌العمل ‌نشان نمی‌دهند. یا دربیمارانی به‌کار می‌رود که به‌علت وخامت کولیت اولسرو با‌خطر جراحی روبرو هستند. دربعضی موارد برای به تأخیر انداختن عمل‌جراحی از سیکلوسپورین Cyclosporine استفاده می‌شود تا بیمار آنقدر قدرت یابد که بتواند عمل‌جراحی را تحمل کند. همچنین ازاین دارو برای کنترل شناسه‌ها ونشانه‌ها استفاده می‌شود تا تأثیر داروهایی با سمیت کمتر آغاز شود. معمولاً یک تا دو‌هفته طول می‌کشد تا تأثیر سیکلوسپورین ظاهر شود ولی از آنجا که مصرف این دارو با‌ظهور بالقوه‌ی عوارض‌جانبی وخیم ازجمله صدمه به‌کلیه، تشنج و عفونت‌های مهلک همراه‌است، باید درمورد مضار و منافع درمان با این دارو با پزشک سخن گفت. همچنین مصرف این دارو‌ها با احتمال اندک بروز سرطان همراه‌است بنابراین پزشک باید بداند آیا در ‌سابقه‌ی بیمار ابتلای به سرطان وجود داشته یا نه.

اینفلیکسی‌ماب‌(Remicade). این دارو اختصاصاً برای آن دسته از مبتلایان به کولیت اولسرویی به کارمی‌رود که نسبت به داروهای دیگر عکس‌العمل نشان‌نداده‌اند یا نمی‌توانند داروهای دیگر را تحمل کنند. این دارو به‌سرعت تأثیر می‌کند و به‌ویژه درافرادی که دارای عکس‌العمل خوب نسبت به کورتیکوستروئیدها نبوده‌اند سبب بهبودی موقت می‌شود. این دارو با خنثی‌کردن پروتئینی به‌نام عامل نکروز تومور Tumor necrosis factor (باکوته‌نوشت‌TNF) تأثیر می‌کند. این پروتئین توسط دستگاه ایمنی تولید می‌شود.
بعضی افراد دچار نارسایی قلب، افراد مبتلا به اسکلروز مولتیپل وافراد دچار سرطان یا سابقه‌ی‌ سرطان، نمی‌توانند از اینفلیکسی‌مابinfliximab استفاده نمایند. مصرف این دارو باافزایش احتمال عفونت به‌ویژه سل و فعال‌شدن مجدد هپاتیت ویروسی درارتباط است و ممکن‌است خطر بروز مشکلات خونی و سرطان را افزایش دهد. ضمن استفاده از این دارو لازم است بیمار از‌نظر سل، آزمون جلدی انجام داده و برای هپاتیت نیز رادیوگرافی قفسه‌ی‌سینه و آزمایش هپاتیت انجام دهد.

آدالیموماب(Humira). آدالیموماب adalimumab نیز شبیه اینفلیکسی‌ماب و از همان گروه است و با بلوک TNF درافراد مبتلا به بیماری کرون باشدت متوسط تا شدید به‌کار می‌رود. درصورتی‌که بیمار دچار فیستول باشد یا در‌صورتی که بیماری کرون شدیدی درکار باشد می‌توان این دارو را بلافاصله پس ازتشخیص مصرف نمود. همچنین می‌توان از این دارو پس ازشکست درمان با داروهای دیگر به‌منظور بهبود نشانه‌ها استفاده کرد. می‌توان به‌جای اینفلیکسی‌ماب یا سرتیلوزیماب Certiluzimab ازآدالیموماب استفاده کرد یا درصورتی‌که تأثیر اینفلیکسی‌ماب یا سرتیلوزیماب متوقف شد از آدالیموماب استفاده نمود. مصرف آدالیموماب سبب کاهش شدت نشانه‌ها و شناسه‌های بیماری کرون شده و به بهبودی موقت منتهی‌می‌شود.
اما،آدالیموماب، مانند اینفلیکسی‌ماب دارای اندک خطر بروز عوارض ازجمله سل و عفونت‌های وخیم قارچی است. به این جهت پیش‌از شروع مصرف این دارو باید آزمون جلدی سل و رادیوگرافی قفسه‌ی‌سینه و آزمون‌های‌خونی هپاتیت برای بیمار انجام شود. شایع‌ترین عارضه‌ی جانبی آدالیموماب آغالش پوستی ودرد در محل تزریق ، تهوع، آبریزش بینی و عفونت بخش فوقانی تنفس است.

سرتولیزوماب پگل(Cimzia). این دارو توسط سازمان غذا و داروی آمریکا برای درمان بیماری کرون مورد تأیید قرارگرفته است و بامهار TNF تأثیر می‌کند. سرتولیزوماب پگل certolizumab pegol برای افراد مبتلا به بیماری کرون متوسط تا شدید مصرف می‌شود. می‌توان به جای اینفلیکسی ماب از سرتولیزوماب پگل استفاده کرد و یا در‌صورت توقف تأثیر اینفلیکسی‌ماب و آدالیموماب، این دارو را به کارگرفت. عوارض جانبی شایع‌ این دارو عبارتند از سردرد، عفونت‌های بخش فوقانی تنفس، شکم درد،تهوع و واکنش درمحل تزریق. از آنجا که این دارو، دستگاه ایمنی را تحت تأثیر قرارمی‌دهد، بیمار درمعرض خطر عفونت‌های شدید ازجمله سل قرارمی‌گیرد. پیش‌از شروع مصرف سرتولیزوماب پگل، در بیمار باید آزمون جلدی ازنظر سل و رادیوگرافی قفسه‌ی‌سینه و آزمایش خون ازنظر هپاتیت انجام شود.

متوترکسات‌(Rheumatrex). این دارو که در درمان‌سرطان، پسوریازیس وآرتریت روماتوئید به‌کار می‌رود، گاهی دربیماران مبتلا به بیماری کرون تجویز می‌شود که نسبت به داروهای دیگر به‌خوبی عکس‌العمل نشان نمی‌دهند. عوارض جانبی کوتاه مدت این دارو عبارت‌است از تهوع، خستگی و اسهال و به ندرت ممکن‌است سبب ذات‌الریه‌ی بالقوه تهدید‌کننده شود. مصرف دراز مدت متوترکسات methotrexate ممکن‌است به بروز جوشگاه در‌کبد وگاهی سرطان بیانجامد. درصورت مصرف متوترکسات، بیمار باید ازنظر بروز عوارض جانبی به طور منظم پیگیری شده وآزمایش خون انجام دهد.

ناتالیزوماب‌(Tysabri). این دارو با مهار بعضی ملکول‌های یاخته‌ی‌ایمنی (اینتگرین‌ها integrin) و جلوگیری از پیوند‌شان با سایر یاخته‌ها در آسترروده تأثیر می‌کند. ناتالیزوماب natalizumab بیماران دچار بیمارانی کرون با شدت متوسط تا شدید و سندالتهاب و نیز  بیمارانی مورد تأیید قرار‌گرفته است که به‌خوبی نسبت به سایر داروهای متعارف بیماری کرون عکس‌العمل نشان نداده‌اند. از آنجا که مصرف این دارو با‌خطر نادر ولی جدی لکوآنسفالوپاتی چندکانونیmultifocal leukoencephalopathy (نوعی عفونت مغز که معمولاً به مرگ یا ناتوانی شدید منتهی می‌شود) همراه است، لذا بیمار ضمن مصرف باید دریک برنامه خاص شرکت نماید.